Shinji Ikari dibiarkan koma secara emosional setelah kematian seorang teman baik. Dengan putranya yang secara mental tidak dapat mengemudikan robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV Gendou Ikari berlomba melawan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat menjalankan rencana pamungkas mereka terlebih dahulu.

SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka sendiri ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk primordial sehingga ia dapat bersatu kembali dengan Yui, istrinya yang telah meninggal. SEELE melepaskan kekuatan militernya dalam invasi mematikan ke markas NERV.

Saat pasukan SEELE menebas para ilmuwan dan personel keamanan NERV, Asuka Langley Souryuu mengemudikan Evangelion Unit-02 dalam pertempuran terakhir yang putus asa melawan persenjataan terberat SEELE. Pertempuran berkecamuk, dan Shinji yang depresi bersembunyi jauh di dalam markas NERV.

Dengan nasib dunia berada di tangan Shinji, Kapten Misato Katsuragi memburu remaja laki-laki itu saat masyarakat runtuh di sekitar mereka. [Ditulis oleh MAL Penulisan Ulang]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.